纖細裸藻能積累大量的β-1,3-葡聚糖，并線性聚合形成顆粒狀的副淀粉作為貯藏多糖。纖細裸藻在無氧條件下快速分解副淀粉并將其轉化為蠟酯產生ATP。早期研究已在纖細裸藻中鑒定出存在三種主要的β-1,3-葡聚糖酶，但目前尚不清楚這些酶是否主要負責副淀粉的降解過程。在本研究中，我們首先證明了這些已知的β-1,3-葡聚糖酶不是無氧副淀粉降解所必需的，然后進行了功能蛋白質組學和反向遺傳學分析，以確定負責副淀粉降解的酶。對從分離的副淀粉中提取的蛋白質進行蛋白質組學分析，發現兩種內切葡聚糖酶（EgENG1A和EgENG2）和一種層狀糊精磷酸化酶（EgLDP1）是潛在的副淀粉降解酶。此外，基于生物信息學對這些酶同源蛋白的鑒定表明，在副淀粉降解過程中，還有一種葡聚糖酶（EgENG1B）和兩種磷酸化酶（EgLDP2和EgP1）參與。同時敲除任意2~3個內切葡聚糖酶基因均可顯著延緩副淀粉在無氧條件下的降解。兩個編碼層狀糊精磷酸化酶基因的敲除細胞系dKD-ldp1/p1在副淀粉合成和降解方面表現出比單敲除細胞系更為顯著的表型，表明EgLDP1和EgP1共同調節副淀粉代謝。這些結果清楚地表明，在本研究中確定的葡聚糖酶和磷酸化酶在無氧條件下的大量副淀粉降解中發揮作用。